En la Oficina Nacional funciona la Unidad de Acción Política (1997), que dinamiza y fortalece la labor de incidencia en políticas públicas ya sea con base en propuestas y experiencias de las oficinas regionales o en respuesta de la agenda pública nacional. La Unidad Nacional de Desarrollo (2009) contribuye a garantizar la unidad y alineamiento institucional, a establecer enfoques comunes y a lograr un mayor impacto de CIPCA a partir del trabajo en las regiones sin menoscabo de las iniciativas y creatividad de las oficinas regionales. La Unidad de Administración y Financiamiento, encargada de la administración de proyectos  y financiamiento así como de las tareas de contabilidad y administración general.

Desde la Oficina Nacional y en coordinación con las Oficinas Regionales, actualmente se impulsa un nuevo proceso de fortalecimiento de las capacidades internas para el trabajo con enfoque de género, actualizar diagnósticos de la situación de género en las áreas de cobertura que orienten mejor el accionar institucional y acorde a las características de las diferentes regiones, lo que también contribuirá a justes en políticas internas sobre la materia.

A lo largo de su historia, CIPCA ha recibido el apoyo de numerosos organismos de cooperación, sin el cual no habría sido posible su trabajo al servicio de campesinos indígenas, hombres y mujeres y sus organizaciones. Desde 1987 viene desarrollando con sus contrapartes una relación que va más allá del financiamiento, caracterizada por el diálogo y el intercambio de experiencias, de estrategias de desarrollo y de otras temáticas que son de interés mutuo.